ภายในวัดประกอบด้วยสิ่งต่าง ๆ มากมาย

พระอุโบสถมีเจดีย์ทรงรามัญ 7 องค์ รายรอบ เป็นตัวแทนของพระยามอญทั้ง 7 เป็นอาคารก่ออิฐถือปูน ขนาดกว้าง 7 เมตร ยาว 17.25 เมตร ประตูทุกบานเป็นงานจำหลักไม้ฝีมือประณีต ส่วนบานหน้าต่างด้านนอกเป็นลายรดน้ำ ภายในมีจิตรกรรมฝาผนังงานศิลปะของชาวมอญ สีของภาพเป็นสีธรรมชาติ ที่สกัดจากเปลือกไม้ และดอกไม้ในสมัยนั้น เขียนถึงเรื่องราว อาทิ ภาพพุทธประวัติตอนมารผจญ ภาพสวรรค์ชั้นต่าง ๆ ภาพอดีตของพระพุทธเจ้าที่ประทับบนบัลลังก์ และทศชาติชาดก บางภาพเป็นภาพโบราณสมัยอยุธยา และบางภาพเป็นภาพที่ปฏิสังขรณ์จากช่างในช่วงรัชกาลที่ 4

พิพิธภัณฑ์พื้นบ้านวัดคงคาราม เป็นเรือนไทย เคยเป็นกุฏิ สร้างในสมัยกรุงธนบุรี โดยพระครูสันตยาภิรัต ท่านเจ้าอาวาส ได้บูรณะซ่อมแซมขึ้นเมื่อ พ.ศ.2540 และเห็นว่า ชาวบ้าน ได้นำวัตถุสิ่งของและศิลปะ รวมถึงของมีค่าต่าง ๆ มาถวาย ท่านเจ้าอาวาสจึงได้จัดตั้งพิพิธภัณฑ์ และได้ขึ้นทะเบียนกับกรมศิลปากรเมื่อ พ.ศ.2542

วิหารพระหยกขาว ตั้งอยู่ถัดไปจากพิพิธภัณฑ์ ภายในมีพระพุทธรูปองค์ต่าง ๆ มากมาย รวมพระหยกขาว ไว้ให้สักการะ

ศาลพระโพธิสัตว์กวนอิม จะอยู่ด้านหลังของวัด ไม่ปรากฎหลักฐานว่าสร้างขึ้นมาเมื่อใด โดยประดิษฐานองค์กวนอิมขนาดความสูงประมาณ 3 เมตรจำนวน 1 องค์